Stan sanitarny naszych lasów jest dobry i stale się poprawia. Celowo niewielka część martwych, zdrowych drzew zostawiana jest, by mogły być one miejscem rozwoju wielu mikroorganizmów, owadów, zwierząt i roślin, w tym grzybów. Drzewa te nie są usuwane z lasu również wtedy, gdy się przewrócą. Regułą jest, że nie usuwa się żadnych drzew posiadających dziuple. Budzi to wprawdzie często zdziwienie ludzi uważających, że leśnicy przestali dbać o lasy, „bo kiedyś tak nie było".

Właściwy stan zdrowotny osiągnięty jest głównie dzięki właściwemu dobraniu sadzonych gatunków drzew do siedlisk.

Na terenie nadleśnictwa Runowo i w najbliższym jego otoczeniu brak jest dużych miast i uciążliwych zakładów przemysłowych, dlatego też uchodzi ono za jedno z mniej zanieczyszczonych w dyrekcji toruńskiej i województwie. Ma to również wpływ na zdrowotność lasów. Właściwy stan zdrowotny osiągnięty jest głównie dzięki właściwemu dobraniu sadzonych gatunków drzew do siedlisk. Bardzo rzadko występują u nas gradacje szkodliwych owadów leśnych. Po ostatniej gradacji brudnicy mniszki z przed trzydziestu lat przebudowaliśmy drzewostany. Istniejące teraz drzewostany liściaste są dużo zdrowsze i nie nękają ich tak szkodniki pierwotne spotykane w innych Nadleśnictwach, których lasy rosną na siedliskach borowych.

Problemy są jednak wszędzie. Osuszanie gruntów rolnych przylegających do lasów spowodowało obniżenie poziomu wód gruntowych również w lasach. Najbardziej odczuły to jesiony, dęby i olchy. Osłabione drzewa zaczęły chorować. Chore drzewa nie zawsze miały dość sił by walczyć ze szkodnikami takimi jak niektóre grzyby i owady (np. jesionowce i opiętki). Woda w lesie to skarb. Staramy się zatrzymać ją u siebie.

Jedynymi owadami, które prawie co roku zwalczamy, są chrabąszcze majowe, masowo pojawiające się w młodnikach dębowych.

Największe koszty w dziale ochrony lasu przeznaczamy na ochronę lasu przed zwierzyną. Jedyną skuteczną metodą ochrony upraw jest wykonanie ogrodzeń z siatki.

Z roku na rok coraz więcej pieniędzy przeznaczamy na sprzątanie lasu ze śmieci, beztrosko wyrzucanych i wywożonych przez „porządnych" ludzi, którzy nie chcą śmieci w swoich samochodach ani na swoich posesjach. Ze zgrozą stwierdzamy, że oprócz dóbr przyrody w lesie spotykamy dobra materialne, które z roku na rok rosną jak grzyby po deszczu. A przecież las to nie śmietnik. Las jako „dobro narodowe" powinniśmy szanować i „czcić" jako dom dla przebywania i życia ogromu organizmów, jako miejsce historii i często pamięci dla wielu osób poległych na terenie lasów, jako miejsce ogromnej harmonii jaką człowiek za wszelką cenę niszczy.

Klęska z 11/12 sierpnia 2017 roku zmieniła ekosystemy leśne na wiele dziesięcioleci. W Nadleśnictwie Runowo do końca 2019 roku wykonano cięcia klęskowe na powierzchni ponad 2300 ha pozyskując znacznie ponad 600 000 m³ grubizny. Pozostałe po klęsce fragmenty drzewostanów zostały częściowo uszkodzone (naderwanie systemu korzeniowego, popękanie lub połamanie części koron). Ocalałe drzewostany również cierpią z powodu okresowego niedoboru wody (niewielkie opady atmosferyczne oraz obniżenie poziomu wód gruntowych). Silnie osłabione i uszkodzone drzewostany stały się bazą do rozmnoży szkodliwych owadów. Również ograniczona rotacja drewna poklęskowego przyczyniła się do bardzo dynamicznego rozwoju liczebności licznej grupy nękających owadów. Gatunki niszowe przed klęską, po dwóch latach stały się bardzo dużym zagrożeniem dla trwałości ekosystemów leśnych. Najbardziej dynamiczny rozwój nastąpił u przypłaszczka granatka, kornika drukarza, kornika modrzewiowca, cetyńca większego oraz smolików. Obecnie obserwujemy również sporadycznie pojawiającego się  kornika ostrozębnego.

Przed leśnikami stoją ogromne zadania związane z likwidacją zagrożenia ze strony owadów. Musi to być zadanie priorytetowe w działaniu nadleśnictw. Intensywne czynności ochroniarskie potrwają minimum 2-3 lata i zakończą się sukcesem, o ile nadleśnictwa zostaną wsparte skuteczniejszą możliwością rotacji zasiedlonego surowca.

Jeśli nie zapewni się skutecznego wywozu zasiedlonego surowca w bezpieczne strefy lub do natychmiastowego przerobu, to za kilka lat wystąpi masowa gradacja „zespołu szkodników”, który zdewastuje drzewostany na ogromnych obszarach znacznie wychodząc poza granice nadleśnictw klęskowych.